1、对人体的伤害

反对转基因食品的人涉及范围较广的各种利益集团，从绿色和平组织到农场主协会到基督教会等等，他们的反对意见集中在三个方面：

转基因违反自然，因而是有害的。支持派则反驳说，现今的各种庄稼早已不是原始品种，否则人们吃的蔬菜就该跟动物吃的草一样。

植物里引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后，它们所提供的食物对人体是否安全，对这一点，支持派强调，迄今为止并无够资格的研究机构发现转基因食品危害人体健康的证据，但他们对长远的影响还只能作推论，一时难以取得全面的证据以服人。

推广抗除草剂的转基因作物可能助长农民过量使用除草剂，从而使一些非主要作物受到伤害甚至灭绝。很多发展中国家的农民一直把这类非主要作物当作补充食物或作为饲料。美国渔类和野生动物管理署已发现有74种植物品种受除草剂影响而濒临灭绝。

2、对环境的污染

转基因技术有可能造成生物污染。有的生物技术公司为了保护自己的知识产权，对销售给农民的转基因种子作了“绝育”处理。印地安那大学生物系副教授玛莎·克劳奇的研究表明，这种绝育基因有可能在无意中使其他作物也变成不育。

3、对其他植物品种的危害

有特殊功能的基因“流窜”到相近的野生植物品系中去，使之具有抗除草剂的能力而难以控制；或者使害虫体内产生抵御杀虫剂的抗体。另外，有些小生物吃了具杀虫功能的转基因植物可能灭绝。

支持派则指出，农业生产本身是一种有损环境的活动，转基因作物对环境的损害不会比传统农业更大。植物自身具备了抗虫能力，农民可以减少喷洒杀虫剂，对环境和生物保护是有利的。

关于转基因的潜在危害,目前尚存在较大争议,但主要担忧包括:

1. 对人体健康的危害不明。插入外源基因可能产生新毒性或引发过敏。长期食用对人体影响未知。

2. 可能引发环境问题。转基因生物进入环境后与野生物种杂交,破坏生态平衡。

3. 破坏生物多样性。转基因作物扩散占有农业用地,威胁传统作物品种。

4. 引发农业生产单一化。转基因种子的公司专利限制打破传统农业多样性。

5. 转基因技术可能被利用生产生化武器。

6. 对传统农业模式影响存在。但也有观点认为影响有限。

7. ? 潜在风险还有待深入研究确认,不宜完全否定或全盘接受。

8. 应加强转基因的独立科学评估,强化实验室和实地监测。

9. 在无法完全排除风险的情况下,采取谨慎态度并科学管控转基因应该是主流意见。

总而言之,关于转基因的潜在危害还存在较大不确定性,需持续深入研究,谨慎对待。

大多数转基因对身体是存在危害的，人体在长期使用转基因的食物之后对自身的基因排序可能会造成一定影响。

转基因技术是生物技术的产物,它利用现代分子生物技术将一些生物的基因转移到其他物种,并改造生物的遗传物质,从而使它们能够在性状、营养价值

转基因会破坏食物中的营养成分。转基因食品中的主要营养成分、微量营养素及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。